?適用于分子模擬、計算化學、生物物理、生物信息等領域的新手和進階用戶。重點覆蓋工具原理、基本操作、分子動力學模擬流程、分析方法和高效實踐等內容，也可靈活根據領域需求調整。

?

第一天：GROMACS基礎與標準分子動力學模擬流程

1. 培訓導入與課程目標

GROMACS 簡介與應用領域概覽

與其他分子模擬工具（NAMD、AMBER等）的對比

培訓目標與內容說明

2. GROMACS軟件環境與基本操作

軟件安裝、配置和依賴環境（Linux/Windows/Mac）

常用命令和腳本基本用法

GROMACS文件體系結構與命名規則

3. 分子模型的準備

結構文件（PDB/XYZ）預處理與修正

使用pdb2gmx生成拓撲文件

力場（force field）介紹與選擇（如amber、charmm、gromos等）

受體配體/蛋白/小分子體系準備要點

4. 模擬體系構建與溶劑化

構建模擬盒子（editconf）

溶劑化（solvate）、加離子（genion）

檢查結構合理性與常見錯誤修復

5. 能量最小化與體系平衡

能量最小化操作（em.mdp參數含義）

NVT/NPT 平衡模擬步驟及意義

常見 mdrun 選項與參數設定

日志（log file）、能量、軌跡等輸出文件初步解析

6. 當日實操：從PDB到能量最小化

全流程動手指導：PDB處理→添加力場→溶劑化→加離子→能量最小化

學員問題解決與重點回顧

第二天：進階動力學模擬、數據分析與高效實踐

1. 分子動力學生產運行

配置與運行MD生產模擬（md.mdp參數詳解）

多步長模擬、溫控和壓控常用方案

并行計算與性能優化建議（多核/多GPU）

2. 軌跡分析與結果解讀

軌跡（trajectory）處理與格式轉換（trjconv）

常用分析命令：RMSD（gmx rms）、RMSF、徑向分布函數（gmx rdf）、氫鍵分析（gmx hbond）、二級結構（gmx do_dssp）

能量、溫度、壓力與密度等宏觀參數分析

結果可視化工具（VMD、PyMOL、Grace等）介紹

3. 進階模擬與特殊應用

多組分或大分子體系設置（如蛋白復合物、膜蛋白等）

小分子/配體參數化與工具對接（如ACPYPE、CGenFF）

常見問題及輕松排錯方法

復現性與實驗設計常見注意事項

4. 數據管理與自動化流程

輸入/輸出文件管理規范

批量模擬腳本與分析自動化（bash、python等簡單示例）

典型高通量模擬方案介紹

5. 項目案例演練

分組完整實操：標準蛋白體系建模、動力學模擬及結果分析

小組/全體答疑與技能鞏固